Al igual que el resto de los mezcales mexicanos, el bacanora es producto del encuentro de las culturas americana y europea. Los antiguos pobladores del hoy territorio del estado de Sonora obtenían bebidas embriagantes de la fermentación de diversos frutos silvestres, y fue la tecnología europea de destilación, introducida al Nuevo Mundo por los españoles durante la época de la Colonia, lo que permitió el procesamiento de vino de mezcal o aguardiente mezcal, nombre original de este licor, hasta que en la segunda mitad del siglo XIX se le empezó a denominar "bacanora", y así se facilitó su diferenciación de los demás mezcales (Salazar 2004, 40).